评估中心成立至今，以其优良的业绩，在国内外产生了较大影响，其作用日益显著，概括起来主要发挥了以下五个方面的作用。 
    第一，为科技部宏观指导和规范全国科技评估工作提供了重要支撑。协助科技部起草了《科技评估暂行管理办法》和《科技评估规范》，以及四部委联合发布的《国家科研计划课题评估评审办法》等文件，推动我国科技评估工作开始走向制度化和规范化。 
    第二，针对全国科技评估能力建设的需求，提供技术支撑和公共服务。编写科技评估教材，组织专业培训，编写新产品评估、计划评估、预算评审、机构评估、项目评估等手册，为规范性开展科技评估工作提供技术文件，组织国内评估机构研讨与交流，初步形成了我国科技评估网络。 
    第三，为科技部率先将科技评估手段运用管理环节提供了重要技术支持。通过承担国家科技计划、重大科技项目的评估任务，使我部在管理决策中多方面引入评估机制，不仅得到财政部的赞同，而且中科院、国防科工委、计委、经贸委和许多工业管理部门都纷纷借鉴，并认为科技部引入专业化评估组织开展评估工作，无疑为政府管理改革开了一个好头。人大、政协的部分科技界委员认为开展科技评估活动是科技部一项带有制度创新意义的工作。 
    第四，促进了我国科技评估活动与国际接轨，提升了我国科技评估工作的国际地位，基本形成了科技评估国际合作窗口。通过国际交流，UNDP评估办公室和世行评估部高度评价评估中心的工作，将评估中心列入组织国际决策咨询类评估活动的重要伙伴；APEC组织也委托评估中心组织亚太地区的评估交流与培训活动。评估中心已与美国、法国、韩国、印度、英国、加拿大、澳大利亚、日本、新西兰等十多个国家建立了密切的合作交流关系，并相继对挪威和丹麦援华贷款进行了评估。评估报告得到挪威政府和丹麦政府的高度评价，我国财政部认为评估工作对这些援华贷款计划的实施发挥了重要作用。
    第五，建立了专业化、规范化的科技评估理念。在谋断分离的前提下，要有能够保持第三方立场的评估组织，运用规范的评估程序和技术方法、多渠道、多角度采集信息，处理信息，排除个人局限性和偏好所带来的对问题分析的片面性，才能得出客观、公正、科学的评估结论。评估组织以第三方立场介入管理环节，使原来点对点直线式管理变成三角式闭环制衡系统，为政府科技投入的合理性、有效性、安全性提供了保障。